Pada tahun 2018, Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian Universitas Borneo Tarakan menjadi Program Studi yang menghasilkan lulusan yang menguasai teknologi pertanian untuk mendukung industri pertanian berkelanjutan.

Berdasarkan Visi Program Studi Agroteknologi dirumuskan Misi sebagai berikut:

1.    Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran dalam bidang teknologi pertanian guna menghasilkan lulusan yang memiliki: moral, sikap akademik dan professional, keunggulan kompetitif, kemampuan kepemimpinan dan kemampuan memecahkan masalah berbasis hasil penelitian,

2.    Menyelenggarakan penelitian untuk mengembangkan ilmu dan teknologi pertanian yang relevan dengan kebutuhan masyarakat lokal, nasional maupun internasional secara berkelanjutan, dan

3.    Menyelenggarakan kegiatan pengabdian kepada masyarakat berbasis hasil penelitian sesuai dengan kebutuhan masyarakat.

Berdasarkan Misi di atas maka tujuan Program Studi adalah meningkatkan pelaksanaan Tridharma Perguruan Tinggi dalam rangka menghasilkan:

1.    Meningkatkan kualitas pengelolaan PS dengan standar nasional.

2.    Meningkatkan kualitas lulusan dengan kemampuan dan keahlian dalam menganalisis dan memecahkan masalah teknologi pertanian yang berkelanjutan, bermoral, memiliki sikap akademik dan professional, memiliki keunggulan kompetitif, kemampuan kepemimpinan dan kemampuan berinovasi berbasis hasil penelitian,

3.    Meningkatkan jumlah penelitian untuk menghasilkan karya akademik dosen yang dipublikasikan di tingkat nasional dan internasional, menghasilkan HKI dan inovasi, dan,

4.    Meningkatkan pemanfaatan hasil – hasil penelitian pertanian untuk diterapkan pada masyarakat secara berkelanjutan.